Die Platzierung der Fußnoten können Sie sich für das gesamte Dokument einstellen. Sie haben die Wahl zwischen einer Positionierung

• am jeweiligen Seitenende unten,
• direkt unterhalb des Textendes, wenn bspw. ein Dokument mitten auf der Seite abschließt,
• am Ende eines Abschnitts, wenn bspw. Ihr Dokument in verschiedene Abschnitte unterteilt ist,
• am Ende des Dokuments (= Endnote),
• direkt im Fließtext (amerikanisches System).

 
Wenn Sie sich unsicher sind, wie es in Ihrem Studienfach gehandhabt wird, fragen Sie Ihren Dozenten. Sie können aber z.B. auch die für Ihr Thema maßgebliche Fachliteratur daraufhin anschauen, wie die betreffenden Autorinnen und Autoren die Fußnoten setzen.
 
Fußnoten werden im Allgemeinen automatisch fortlaufend durchnummeriert. Es empfiehlt sich auf jeden Fall diese Variante beizubehalten.
Sie haben jedoch bei der Option, die Fußnoten am Abschnittsende auftauchen zu lassen (dritte Variante), die Möglichkeit im nächsten Abschnitt die Nummerierung von vorne beginnen zu lassen. Dies empfiehlt sich aber eher bei der Arbeit von unterschiedlichen Autoren, wie etwa bei einem Sammelband. In wissenschaftlichen Arbeiten einzelner Autoren – und dazu gehören Ihre wissenschaftlichen Texte meist –, empfiehlt es sich eine Fußnote mit einer einmaligen Nummer zu versehen, um Probleme mit der Zuordnung zu vermeiden.