Um herauszufinden, wo in Citavi importierte PDF-Dateien abgelegt sind, können Sie über das Menü »Extras« den Speicherort ermitteln: 
Extras > Optionen > Speicherorte
Über den Befehl »Ordner im Windows-Explorer öffnen« können Sie nun den Speicherort auch direkt öffnen.
Übrigens können Sie den Speicherort in Citavi über den gleichen Weg auch verändern.